Озон используют в аквариумистике для очистки воды в аквариуме. Ход озонирования воды в аквариуме выполняет параллельно две задачи: дезинфицирует воду в аквариуме и окисляет многие органические субстанции. Озон свободно входит в реакции с органическим веществом, и эти качества дают возможность для использования его в аквакультуре.

Озон, как сильный окислитель, содействует разложению гуматов, фенолов, окисляет соли железа и марганца, переводя их в слаборастворимые соединения, окисляет растворенные органические вещества и в меньшей степени неорганические ионы. Устраняет излишнее количество азота, уменьшает концентрацию нитратов, аммиака, убивает в воде бациллы, жгутиковых, споровиков и других простейших, вызывает обесцвечивание красителей, избавляет аквариумную воду от побочных запахов, при этом увеличивает окислительно-восстановительный потенциал, что одобрительно действует на аквариумной фауне и флоре.